微生物污染對耐溶劑膜系統至少造成兩方面的不良后果：一是微生物的大量繁殖和代謝,產生大量的的膠體物質，致使膜被堵塞造成膜通量急劇下降；

　　

　　二是將造成產水中的細菌總數的增加。膜的微生物污染對整個裝置的長周期運行非常不利，因此要對微生物污染高度重視。

　　

　　造成生物污染的原因一般有：

　　

　　1、進水中含有較高數量的微生物；

　　

　　2、系統的停用、保護、沖洗等沒有嚴格按照技術手冊要求進行；

　　

　　3、沒有對進水進行殺菌或者殺菌劑投加量過小；

　　

　　4、進水水質含有容易滋生微生物的營養物質從而導致微生物的大量滋生；

　　

　　5、沒有對管路進行定期的殺菌和消毒。受到微生物污染的膜表面會十分滑膩并常有難聞的氣味，對耐溶劑膜樣品進行焚燒的氣味同焚燒頭發一樣。

　　

　　例如進水的氨氮指標嚴重超濃度，導致管路中和膜元件內大量微生物滋生，對膜系統進行化學清洗后，由于沒有對管路進行殺菌消毒。

　　

　　系統啟運時，在管路中存留的大部分微生物顆粒隨水流全部進入膜端，導致系統產水率嚴重下降,膜段間壓降急劇上升，系統通過離線清洗得以消除污染。

　　

　　對耐溶劑膜進行物理清洗，沖洗是采用低壓大流量的進水沖洗膜元件，沖洗掉附著在膜表面的污染物和堆積物，膜的低壓沖洗可以減少深度差，防止膜脫水現象的發生。

　　

　　在條件允許的情況下，建議經常對系統進行沖洗。增加沖洗次數比進行一次化學清洗更有效果。